iOS4.2 に更新後、音叉アプリの音が濁るという事象と、Firefox home アプリの同期アカウントが消えて入れなおししたとかがありました。曲が消えたようになる事象には気が付きませんでした。
データは消えてないので、一回同期すれば見えるようになるということだったのでやってみたらOKでした。
APP Store からダウンロードした各(個人や会社の)アプリは、OSの互換性で動かなくなる可能性はあると理解しますが、メーカーが提供する部分の動きも変というのはちゃんとテストしているのか?と疑っちゃいますね。